基因測序實驗室設計的主要工作包括業務產能設計、實驗室現場勘察、實驗室平面方案設計、實驗室施工指導、實驗室竣工驗收、實驗室質量提升(BGI ertified Service Provider program Service，簡稱 BGI CSPro Service)，覆蓋業務類型包括產前篩查和產前診斷、遺傳病診斷、腫瘤診斷與治療、植入前胚胎遺傳學診斷等。
一、業務產能設計
基因測序實驗室設計團隊根據業務需求，結合實驗室未來3~5年的檢測項目規劃和樣本量，制定測序平臺、自動化設備、實驗人員以及實驗室質量體系和資質等所需資源配置計劃。
二、實驗室現場勘察
基因測序實驗室專業工程師團隊趕赴現場進行現場勘察，勘察包括基礎信息確認(承建科室、已開展項目、現有人員規模、擬開展項目、樣本量、檢測平臺、實驗室資質、場地類型等) 和關鍵信息確認(CAD平面尺寸布置圖、樓層承重、層高等)，核實確認的實驗室勘察結果為下一步實驗室平面設計提供準確詳細數據。
三、實驗室平面設計
實驗室設計方案除了需要針對實驗室現狀因地制宜，還需重點考慮實驗室設計標準與參考規范(國家及地方的法律法規) 和實驗室設計原則(擬開展檢測項目對實驗室功能和布局要求以及檢測平臺對實驗室環境要求)。
四、基因測序實驗室設計原則
基因測序實驗室設計遵循16字方針——分區明確、單一流向、因地制宜、方便使用。
“分區明確”：指各實驗室在物理格局和空間使用上彼此獨立互不干擾，包括實驗室各區的儀器設備、清潔用具等；“單一流向”：指實驗室整體流向（人流、物流和垃圾流）按照試劑準備區→標本制備區→擴增區→產物分析區順壓差從大到小的梯度而行，防止擴增產物順空氣氣流進入上游區域；“因地制宜”：指實驗室各區既可相互臨近，可以設計在同樓層的不同地方，也可以設計在不同的樓層；“方便使用”：指實驗室設計時，既要考慮實驗室現有場地的實際情況，同時考慮實驗人員在檢測過程中的舒適性和方便性。
此外，實驗室設計原則必須滿足擬開展檢測項目的工藝流程要求以及檢測平臺對環境的要求，包括實驗室分區數量、面積、溫濕度、承重、電壓等要求。實驗室平面設計完成后，還需整合實驗室場地勘察概況、實驗室設計平面圖、實驗室各專業(給排水、強電、弱電、暖通、裝飾) 參數表、擬開展項目工藝流程圖、實驗室平面設計確認表和實驗室設計標準，形成遵守國家規定、符合臨床需求、可實施的設計方案。
五、實驗室施工指導
基因測序實驗室建設是一項復雜的系統工程，包括新建、改建和擴建三大工程。不僅要考慮實驗室的總體規劃、合理布局和平面設計，還需要考慮給排水、強電、弱電、暖通和裝飾等基礎設施和基本條件。所以，在實驗室施工過程中，工程師們需要對實驗室建設中遇到的技術問題和流程問題給予專業解答和引導，以確保實驗室質量得到保障。
六、實驗室竣工驗收
實驗室承建方的各項目完成后，基因實驗室建設的專業工程師將到現場，驗證實驗室是否符合法律法規及設計要求，為實驗室的投入使用及運行提供保障。竣工驗收包括實驗室現場驗收 (是否嚴格按照設計圖紙要求進行施工) 和資料驗收 (包括材料、設備進場驗收文件、施工記錄、調試記錄、竣工圖紙等)，要求全部齊全且經監理單位或用戶相關部門專業工程師簽字認可才有效。